O município pertence aos Comitês das Bacias Hidrográficas do Baixo Tietê e Aguapeí, sendo que para o rio Aguapei tem se como Sub-bacias os Córregos do Macaco e Volta Grande, para o Rio Tietê os Ribeirões Iguatemi e Travessa Grande e para o rio Paraná o Ribeirão do Moinho.

O sistema de abastecimento de água do município de Guaraçaí é realizado somente através de captações subterrânea, sendo composta por nove (09) poços tubulares profundos, porém apenas sete (07) estão em funcionamento, consequentemente dois encontra-se inoperantes. No quadro 04 são apresentados os poços tubulares profundos e no quadro 05 os reservatórios de água existentes no município de Guaraçaí.